蛋白質的結構(Protein Structure)

A.蛋白質的一級結構(primary structure)是蛋白質的序列。一級結構上的胺基酸間可交互作用，利用醯胺鍵上的C=O鍵與胺基形成氫鍵。
B.二級結構 (secondary structure)。蛋白質的二級結構有α螺旋(α-helix)與β摺疊(beta sheet)兩種，這些結構上的R-基間可形成氫鍵或其他各種鍵結，組合成一些獨立折疊的單元，稱之為模組（motif）。另有一些較少見的結構：β轉角(β turn)
a.二級結構 (secondary structure)預測

*第二象限紅色包含antiparallel beta sheets、parallel beta sheets、collagen triple helix、right-twisted beta sheet
*第三象限紅色包括right-handed alpha helix
*第一象限紅色有left-handed alpha helix
資料來源：omicsonline
＊鑑定方法：圓二色性(circle dichroism spectra)、核磁共振法(nuclear magnetic resonance)
C.模組是蛋白質的三級結構 (tertiary structure)，三級結構是由一條多胜肽(polypeptide)鏈組成，可包含一個或多個模組。一個含有多個次單元蛋白質中，每個次單元都是一個三級結構，次單元間可能有疏水性作用。三級結構的形成驅動力通常是疏水殘基的包埋，但其他相互作用，如氫鍵、離子鍵和二硫鍵等同樣也可以穩定三級結構。三級結構包括所有的非共價相互作用（不包括二級結構），並定義了蛋白質的整體摺疊，對於蛋白質功能來說是至關重要的。以雙硫鍵(disulfide bond)為共價交互作用；並有其他非共價交互作用
＊鑑定方法： X光繞射法(X-ray diffraction)
參見：分子內作用(Intermolecular interactions)
資料來源：維基百科

有三個結構域的丙酮酸激酶
資料來源：維基百科
D.鹽橋等交互作用而形成四級結構，所以含有多個次單元的蛋白質才有四級結構 (quaternary structure)。
四級結構是由兩個或多個多肽鏈通過相互作用形成的結構。其中，單獨的一條鏈就被稱為亞基。亞基之間不一定要共價連接，但有一些亞基之間是通過二硫鍵來連接的。不是所有的蛋白質都有四級結構，許多蛋白可以以單體形式來發揮功能。四級結構的穩定性與三級結構處於同一水平。兩個或多個亞基形成的複合物統稱為多聚體（multimer），如果是兩個亞基則稱二聚體或二體（dimer），三個亞基稱三聚體或三體（trimer），以此類推。如果多聚體為相同的亞基組成，則加上「同源（homo-）」作為前綴，反之則用「異源（hetero-）」，如同源二聚體或異源三聚體。