毛細管電泳法(capillary electrophoresis, CE)

在進行分析時將毛細管內充滿了電解液，毛細管兩端通高壓電，使電解液內帶電分子移到毛細管相反電荷的一端。因為不同分子的大小對電荷比不同，就以不同的速率在管中移動，達到毛細管終點也有快有慢。毛細管電泳既依此探測、分離不同分子。
資料來源：維基百科
分離原理：

A. 準備一個表面帶負電的毛細管

B. 灌入緩衝液，只有帶正電的離子留下（因毛細管帶負電）

C. 在毛細管兩端加上電場（正負極），帶正電緩衝液的正離子向負極跑，形成一股流速固定的電流（電滲流，electro-osmotic flow，EOF）

D. 將蛋白質灌入，蛋白質有其電性，帶正電者會向負電方向泳去，反之相反，此法利用電泳（electrophoresis）的原理

E. 電滲流和電泳兩股力量的合力拉動著蛋白質

F. 帶越多正電荷的蛋白跑在越前端，帶越多負電的蛋白位於越後端，如此即可將蛋白質分離


資料來源：維基百科

優點︰

1.分離操作時間短，最快可達幾秒。

2.分離效率高，樣品用量少。

3.容劑消耗少，環境污染小。

缺點︰

1.無法用於大量純化，因為毛細管電泳採用內徑極小的管柱，只能進行微量分析。